8月6日の広島原爆投下作戦において観測機B-29「グレート・アーティスト」を操縦したチャールズ・スウィーニー少佐は、テニアン島に帰還した夜、第二の原子爆弾投下作戦の指揮を執ること、目標は第一目標が福岡県小倉市(現北九州市)、第二目標が長崎市であることを告げられていました。その時に指示されていた戦術は、1機の気象観測機が先行し目標都市の気象状況を確認し、その後、護衛機なしで3機のB-29が目標都市上空に侵入するというものでした。この戦術は、広島市への原爆投下の際と同じものであり、日本軍はこれに気付いて何がなんでも阻止するだろうとスウィーニーは懸念を抱いていました。
徹底抗戦を主張し、広島市壊滅の影響をできるだけ小さくするため、表向きは原子爆弾と認めようとしなかった陸軍参謀本部も、その内部ではそれを認めていました。それどころか、広島への原爆投下の2日後の8月8日、特殊情報部の中庭で参謀本部による表彰式が執り行われました。原爆搭載機のコールサインを突き止めた功績が評価されたのです。「V600番台のB-29が最も恐ろしい原子爆弾を積んでいることが判明した。同じようなコールサインの飛行機が今度飛べば、全部追跡して撃滅するから」とねぎらいの言葉をもらいました。